Berdasarkan Peraturan Wali Kota Tarakan No. 92 Tahun 2020 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Daerah Laboratorium Kesehatan Daerah Kota Tarakan, UPTD.LABKESDA Kota Tarakan adalah Unit Pelaksana Teknis Daerah Kelas A pada Dinas Kesehatan Kota Tarakan yang mempunyai tugas pelayanan Laboratorium Klinik, Laboratorium Kesehatan Masyarakat maupun Laboratorium Lingkungan.
UPTD Labkesda Kota Tarakan telah terakreditasi PARIPURNA oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia / LAPRIDA (Nomor Sertifikat: YM.02.01/D/16562/2023) dan secara resmi telah ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) berdasarkan Keputusan Walikota Tarakan Nomor 100.3.3.3/HK-XII/588/2024 Tanggal 13 Desember 2023.
Selain fasilitas pengujian rutin, pelayanan di Labkesda Kota Tarakan juga ditunjang dengan kelengkapan sarana penunjang canggih seperti Laboratorium BSL-2 (Biosafety Laboratory Level 2) yang dilengkapi sarana prasarana pemeriksaan biologi molekuler.