UPTD.Labkesda Kota Tarakan adalah Unit Pelaksana Teknis Dinas Kesehatan yang mempunyai tugas melaksanakan pelayanan kesehatan yang berkaitan dengan pemeriksaan secara laboratorium pada Dinas Kesehatan Kota Tarakan. Wilayah kerja UPTD.Labkesda meliputi seluruh wilayah kerja Dinas Kesehatan Kota Tarakan yakni seluruh masyarakat Kota Tarakan.
Tahun 2008 Laboratorium Kesehatan Daerah (Labkesda) Kota Tarakan beroperasional di Jl. Yos Sudarso No.82 Kota Tarakan, didirikan melalui Peraturan Walikota Tarakan No. 11 tahun 2007. Pada awalnya Labkesda didirikan untuk membantu pemeriksaan laboratorium klinik rujukan dari Puskesmas di Tarakan. Seiring bertambahnya sumber daya manusia dan peralatan pengujian, pengujian dikembangkan mencakup laboratorium klinik (spesimen manusia) dan laboratorium kesehatan masyarakat/lingkungan.
Tahun 2023 UPTD.Labkesda Kota Tarakan resmi berpindah ke gedung baru yang representatif di Jl. Pangeran Antasari RT.09 No. 12 Kelurahan Gunung Lingkas Kota Tarakan. Pada tanggal 23 November 2023, Labkesda Kota Tarakan meraih Sertifikasi Akreditasi Laboratorium Kesehatan dengan predikat PARIPURNA. Selanjutnya pada tanggal 13 Desember 2023 ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) melalui Keputusan Walikota Tarakan Nomor 100.3.3.3/HK-XII/588/2024.